由于工程管理软件中各模块之间关系复杂，系统内部数据冗余，比较缺乏统一的集成性，部分企业对工程管理软件的运用缺乏整体规划，内部应用的深度也不同，难以实现企业内部统筹管理，从而导致工程管理软件在公司财务内部控制中存在一些不足。

（一）财务人员对工程管理软件缺乏正确认识

     工程管理软件是市场经济和信息时代下的产物，是一种管理模式而非单纯的管理信息系统。从实现方式来看，工程管理软件实施工作量大，实施过程长，涉及范围广，对后续运营维护所需的人力和资金有一定要求，由于大多数工程企业对工程管理软件的认知不足，导致许多企业实施工程管理软件没有得到预期的效果。

    从工程项目行业市场调查反馈的员工教育程度来看，只有20%的员工学历属于本科及以上，80%的员工学历属于专科及其他，高级管理人员年龄均在四十岁及以上，工程项目作为一个稳定的集团，人才固化、从业人员老龄化的问题可以说非常严重。企业内财务人员对工程管理软件这类新生事物的接受学习能力较弱，经常出现操作失误的情况，影响了财务质量，并且高级管理层对工程管理软件的重视程度有所欠缺。各业务模块工作人员仅了解自己负责的业务流程，不了解其他业务模块的工作原理。

（二）信息安全存在风险

    在经营过程中，工程管理软件需要录入供应商资料、客户资料、员工信息等高度机密的信息。工程管理软件依靠计算机和网络运行，但是当前网络安全并不能绝对保证，黑客的技术越来越成熟，因而容易发生黑客入侵、病毒植入等网络安全问题，近几年传播面较广的勒索病毒，就有多次入侵工程公司数据库的情况发生。

（三）对工程管理软件建设存在误区

    某些企业内部管理模式存在问题，没有形成良好的内部控制体系，容易导致某些数据出现失真的情况，并且企业规章制度执行不到位，工程管理软件毕竟是一个没有思想的管理系统，在一个管理基础差的企业是难以发挥作用的。

    工程管理软件的建设是一项长期且艰巨的项目，需要随着企业业务范围、经营目标需要不断做出改进。而不是像许多企业内部管理人员认为工程管理软件一经投入使用，就无需后续的维护。还有，在决策方面，工程管理软件只能提供相应的科学参考依据，不能替代管理层作出决策。

（四）工程项目内部审计面临新的挑战

    对于我国的工程企业而言，大多数工程管理软件实施过程既缺乏专业人员，也缺乏对未来管理模式变迁的清晰认识，这种情况非常容易在实施过程中出现各种问题。

    使用工程管理软件后，信息由纸质变为电子数据，凭证和单据可以自动生成。如果企业内部出现舞弊者，对程序进行更改，进而对数据进行非法更改，并且不会留下痕迹，因而增加了企业内部审计取证调查的难度。

    这些问题说明了工程项目公司财务内部控制面临数据质量与运行效率较低，在公司经营管理需求和财务管理目标发生转型的过程中，现有的财务组织无法快速适应，财务职能仍然停留在基础性工作上，财务人员面临价值方向的转型。