应用工程管理软件难以取得好效果，可能涉及到以下几个方面的原因：

对软件的误解：很多企业可能存在对工程管理软件的误解，认为它们可以解决所有问题，但实际上，软件只是一个工具，它需要与人员、流程和文化相结合才能发挥最大作用。

软件实施不彻底：很多企业在实施工程管理软件时，可能只是进行了表面上的应用，没有全面推广和实施，这样很容易导致软件的功能无法得到充分利用，从而无法取得好效果。

软件不符合实际需求：有些企业在选择工程管理软件时，可能只是盲目跟风，或者只是根据软件的品牌或价格来做决策，而忽视了软件是否符合实际需求的问题，这样就容易导致软件无法满足企业实际的需求。

培训和支持不足：应用工程管理软件需要相应的培训和支持，以帮助用户熟悉软件的功能和使用方法，但是有些企业可能没有给用户提供足够的培训和支持，这样就难以让用户充分掌握软件的使用方法。

文化和流程不适应：工程管理软件需要和企业的文化和流程相适应，但是有些企业可能存在文化和流程的问题，比如不重视信息共享和沟通，这样就难以实现软件的最大价值。

数据质量问题：工程管理软件需要大量的数据支持，如果数据的质量不高，就会导致软件无法正常运行，从而影响工作效率和效果。

员工抵触心理：有些员工可能会对工程管理软件产生抵触心理，认为它会带来更多的工作量和麻烦，这样就难以让他们主动应用软件。

软件更新问题：工程管理软件需要不断更新和升级，以保持其功能的有效性和时效性，但是一些企业可能由于成本或其他原因，没有及时更新软件，这样就会导致软件无法发挥最大的作用。

领导和员工不配合：软件的应用需要领导和员工的配合，如果没有有效的沟通和协作，就难以使软件的效果得到最大化。

缺乏持续改进的意识：工程管理软件的应用需要不断改进和优化，以适应企业的不断变化的需求和市场环境，但是有些企业可能缺乏持续改进的意识，这样就难以发挥软件的最大作用。

综上所述，要想取得好的工程管理软件效果，需要解决上述问题，并加强领导的支持和员工的培训和应用，使软件能够与企业的文化和流程相适应，并不断改进和优化，从而发挥最大的作用。