工程管理软件难以发挥作用的原因可能有以下几点：

技术难度高：一些工程管理软件需要用户具备一定的计算机技术水平才能操作和使用，这对于一些没有计算机技能的员工来说是一个挑战，特别是我国的建筑企业，很多50岁以上的中老年人活跃在一线，这些人想要熟练操作软件会有相当的困难。在加上如果企业没有提供足够的培训和支持，那么可能就算应用了软件，也不会妥善使用这些软件，从而使软件难以发挥作用。

系统实施复杂：一些工程管理软件的实施需要投入大量的时间和精力。企业需要安装软件、配置数据库和网络等基础设施，以及将现有数据导入到新系统中。这些步骤都需要高度的技术支持和耐心，如果没有得到足够的支持，软件实施难度会很高，大部分软件开发企业重营销轻服务，服务不到位的前提下，企业员工对软件一知半解就贸然上手，导致难以应用到位。

人员培训难度大：如果企业没有足够的资源和时间来培训员工使用新的工程管理软件，那么员工可能不会充分利用这些工具。在没法充分利用的情况下，软件不但无法帮助企业提升管理效率，反而会发挥副作用。这种情况下，企业将无法从软件中获得最大的效益，因为员工无法利用软件中的所有功能。

维护成本高：一旦软件安装和实施完成，企业仍然需要维护和更新软件。这需要企业不断投入资源和资金，否则软件可能会陈旧、无法使用或不再符合企业需要。因此，维护成本可能会成为企业使用工程管理软件的一大挑战。

企业文化问题：企业文化也可能影响软件的使用。如果企业不重视管理和数据分析，注重以人管理，而不是以数据和科学管理，那么员工大概率不会把使用工程管理软件作为一项重要的工作任务。此外，如果企业没有建立良好的数据共享和团队协作的文化，那么使用工程管理软件可能会遇到困难。